GSE271370：空间转录组揭示致死性COVID-19肺部原位细胞与分子特征

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数据说明

重症2019冠状病毒病（COVID-19）可诱发异质性且进行性的弥漫性肺泡损伤（DAD），严重破坏肺组织结构和稳态，妨碍疾病管理并导致致命结局。刻画DAD随疾病进展的病理生理学特征，对于更好地理解驱动不同DAD模式的分子和细胞特征以及优化治疗策略至关重要。为了将细胞类型之间的相互作用置于具体背景中并评估其分布，空间转录组学（ST）技术应运而生，使研究组织空间结构达到前所未有的分辨率。为此，死后肺组织为了解死亡时的细胞组成及其空间关系提供了宝贵见解。在此，我们在死后COVID-19诱导的急性期和增殖期DAD肺组织（包括形态学表现正常的对照样本）中利用了VisumST技术，以揭示DAD背后的免疫病理机制，为驱动致命性COVID-19中DAD进展的细胞和分子通讯事件提供了新的见解。

我们报告，随着疾病进展，内皮细胞类型、I型肺泡上皮细胞和自然杀伤细胞呈进行性丢失，同时髓系细胞和基质细胞（主要为支气管周围成纤维细胞）持续增加。空间组织分析识别出多变的细胞区室，从对照肺中由细胞类型谱系定义的主要区室，到DAD谱系中增加且更特异的区室化（包括免疫特异性簇）。重要的是，空间信息指导的配体-受体相互作用（LRI）分析揭示了一种定义COVID-19诱导的DAD肺的细胞间通讯特征。转录因子（TF）活性富集分析确定TGF-B通路为DAD驱动因素，突出了SMAD3和SMAD7转录因子活性在肺纤维化过程中的作用。整合失调的LRI与

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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