单细胞与空间转录组揭示自然条件下慢性肉芽肿病发病机制 [SeekSpace]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE270427

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数据说明

慢性肉芽肿病（CGD）是一种罕见的遗传性免疫缺陷病，由吞噬细胞中NADPH氧化酶2（NOX2）功能障碍所致。由于NOX2来源的活性氧缺乏，CGD个体对病原体（包括细菌和真菌）的易感性增加。该缺陷还导致过度的炎症反应，引起组织损伤。在本研究中，我们通过受控的环境暴露建立了具有Ncf2-/-遗传背景的CGD感染模型。在无特定病原体（SPF）设施内，Ncf2-/-小鼠未表现出感染迹象。然而，在CL级条件下（CL），这些小鼠自发形成了纤维包裹性坏死性肺肉芽肿。通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术，我们检测到CGD小鼠肺组织中中性粒细胞和单核细胞来源巨噬细胞（MDMs）的显著扩增，并鉴定出一个以促炎转录特征为特点的NOS2high中性粒细胞亚群，以及一个以NOS2和ARG1为标志的特定MDMs亚群。

在空间转录组数据中，NOS2高表达的中性粒细胞位于肉芽肿核心区域，通过高表达Mif、Il1b和Il1a促进炎症反应，而特定巨噬细胞亚群则位于肉芽肿病变外周，通过表达Fn1、Mmp9、Mmp12和Mmp14促进细胞外基质重塑。药理学抑制MIF可通过MIF/NLRP3/IL1β轴显著减少中性粒细胞浸润和肉芽肿形成。此外，髓系特异性促生存基因Morrbid的缺失导致CGD中髓系细胞凋亡，Il1r1的缺失也减轻了疾病，使两种复合突变体的全身炎症减少。总之，通过控制环境因素，我们构建了CGD感染的自然模型，并通过单细胞和空间

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。