流感病毒感染人肺组织外植体的10x单细胞RNA测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE268542

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究利用10x Genomics单细胞RNA测序（scRNAseq）平台，在单细胞水平上探究甲型流感病毒（IAV）与肺组织之间的相互作用。来自一名COPD供者的肺组织样本被IAV感染，感染后24小时对感染和未感染的样本进行分析。将来自多个感染和未感染组织块的细胞悬液混合并分析，以鉴定细胞类型及其反应。共鉴定出10种细胞类型，包括多种气道上皮细胞和免疫细胞。以线粒体DNA含量高为特征的凋亡T细胞被排除在基因表达分析之外。病毒mRNA的存在被用来指示病毒转录活性，尽管区分病毒mRNA的细胞内合成与细胞外摄取仍具有挑战性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。