急性炎症性肺损伤中免疫细胞异质性及通讯的转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE263867

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：急性呼吸窘迫综合征（ARDS）或其早期阶段急性肺损伤（ALI），是一个威胁人类健康的全球性健康问题。目前，降低ARDS发病率和死亡率的治疗策略受到严重限制。这种局限性至少部分可归因于该综合征患者免疫状态的显著差异。方法：分析了ALI小鼠的批量和单细胞RNA测序数据以及ARDS患者的单细胞RNA测序数据。我们使用R语言中的Seurat程序包和Cellmarker 2.0对数据进行聚类和注释。进行了差异分析、富集分析、蛋白质相互作用分析和细胞间通讯分析。结果：由肺内和肺外因素引起的ALI小鼠表现出差异表达，包括Clec4e、Retnlg、S100a9、Coro1a和Lars2。我们确定炎症因子在肺外ALI中具有更大的重要性，而多条通路在肺内ALI的发展中协同作用。聚类分析揭示了不同ALI模型中免疫细胞相对丰度的显著异质性。

中性粒细胞的自身分泌作用在肺源性ALI中起着至关重要的作用。此外，在肺外源性ALI中，B细胞与M1巨噬细胞、NKT细胞与M1巨噬细胞之间的信号强度显著增加。CXCL、CSF3和MIF、TGFb信号通路分别在肺源性和肺外源性ALI中发挥重要作用。此外，对人类单细胞的分析显示，在COVID-19相关ARDS中，DCs向单核细胞和中性粒细胞的信号传导比脓毒症相关ARDS更强。在脓毒症相关ARDS中，CD8+ T细胞和Th细胞向B细胞核化DCs的信号传导更为突出。同时，MIF和CXCL信号通路均为脓毒症相关ARDS所特有。结论：本研究已在动物模型中识别出特定的基因特征和信号通路

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。