儿童急性呼吸窘迫综合征气道液暴露单核细胞的RNA测序分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE250448

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

重要性：单核细胞是具有可塑性的细胞，可呈现不同的极化状态，这些状态既能促进炎症，也能促进组织修复和炎症消退。极化单核细胞的特征部分由其转录谱决定，而转录谱受环境刺激影响。儿童急性呼吸窘迫综合征（PARDS）中的气道单核细胞反应尚不明确。目的：利用一种新型转录组报告检测法，将供体单核细胞暴露于插管儿童（患有PARDS及存在PARDS风险）的气道液体中，以识别差异表达基因和网络。利用供体单核细胞检测法，将单核细胞暴露于患有PARDS的插管儿童在初始气管抽吸物采样后48-96小时获取的气道液体中，以确定两个时间点基因表达的差异。设计、设置和参与者：一项体外初步研究，使用57名儿童的气道液体上清液进行：44名患有PARDS的儿童和13名存在PARDS风险的儿童。

主要结局与指标：我们采用转录组报告基因检测法，对暴露于插管儿童气道液的單核细胞进行批量RNA测序，以发现区分PARDS与PARDS高危状态的基因网络。我们还报告了PARDS患儿在初始气管抽吸物采样后48-96小时基因表达的差异。结果：我们发现，与PARDS高危儿童相比，暴露于PARDS插管儿童气道液的單核细胞中，白细胞介素（IL）-10、-4和-13、细胞因子/趋化因子信号传导以及衰老相关分泌表型均上调。在初始气管抽吸物采样后48-96小时，PARDS患儿中NOTCH信号传导、组蛋白去乙酰化/乙酰化、DNA甲基化、染色质修饰（B-WICH复合物）以及RNA聚合酶I转录及其相关调控装置均上调。结论与意义：我们识别了对PARDS气道免疫反应具有重要意义的基因网络。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。