小鼠多微生物脓毒症免疫细胞转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE249975

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

引言：多种免疫细胞类型在脓毒症中发挥关键作用，即使在同一细胞群体内也存在许多具有独特表型的独特亚群。在本研究中，我们通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了脓毒症中免疫细胞的转录组图谱。我们通过盲肠结扎穿孔术在小鼠中诱导脓毒症。手术后20小时，收集脾脏和腹腔灌洗液。单细胞悬液使用10× Genomics流程处理，并在Illumina平台上测序。计数矩阵使用CellRanger流程生成，该流程将reads比对到小鼠参考转录组GRCm38/mm10。随后的scRNA-seq分析使用R包Seurat进行。结果：经过质量控制后，我们对整个数据集进行了无监督分类。根据其推定标志物，鉴定出四个主要簇：中性粒细胞、巨噬细胞、B细胞和T细胞。基于差异表达基因，我们鉴定了脓毒症中每种细胞类型的激活通路。

在中性粒细胞中，与炎症信号相关的通路被激活，如NF-κB以及对病原体相关分子模式（PAMPs）、细胞因子和缺氧的反应。在巨噬细胞中，被激活的通路与细胞衰老、炎症信号和对PAMPs的反应相关。在B细胞中，与内质网应激相关的通路被激活。在T细胞中，被激活的通路与炎症信号、对PAMPs的反应和急性肺损伤相关。接下来，我们进一步将每种细胞类型分为亚群。中性粒细胞由四个簇组成。一些亚群在炎症信号或细胞代谢方面被激活，而另一些则具有免疫调节或衰老特性。巨噬细胞由四个簇组成，包括衰老增强、淋巴细胞活化、细胞外基质组织或细胞因子活性增强的簇。B细胞由四个簇组成

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。