脓毒症激活肺肾数千基因及选择性核阻断的调控数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE239388

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

全球脓毒症发病率持续上升，2017年已达近4900万例，并有1100万例脓毒症相关死亡。全血中已报道了脓毒症的多系统阶段基因组反应，其特征为剧烈的微生物性炎症，而除抗微生物治疗和支持措施外，尚缺乏有效治疗。在此我们发现，令人震惊的是，脓毒症中6，237个显著表达基因在肺部（急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的发生部位）表达增高或降低。此外，脓毒症中5，483个显著表达基因在肾脏（急性肾损伤（AKI）的发生部位）表达增高或降低。这种对多种微生物脓毒症的大规模基因组反应可被选择性核阻断剂——细胞穿透性核转运检查点抑制剂（NTCI）所对抗。它控制了肺部3，735个脓毒症诱导基因和肾脏1，951个脓毒症诱导基因。NTCI还在未使用抗微生物治疗的情况下减少了细菌播散：血液中减少18倍，肺部减少11倍，脾脏减少9倍。这种细菌清除的增强在肾脏中不显著。

累积而言，识别脓毒症宿主反应基因及其通过选择性核阻断的调控，增进了对脓毒症多系统机制的理解。此外，这促进了急需的新诊断、治疗和预防方法的出现。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。