SARS-CoV-2感染继发ARDS肺部功能后遗症的全面血液转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE228320

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在因SARS-CoV-2感染继发急性呼吸窘迫综合征（ARDS）后存活的患者中，高达80%在出院后存在持续性肺功能异常。目前对与急性期后肺部后遗症相关的机制通路了解有限。我们的主要目标是确定与SARS-CoV-2诱导的ARDS幸存者严重肺弥散功能受累相关的分子基础。幸存者在出院后3个月接受了完整的肺部评估。采用Illumina技术对50例中度至重度弥散功能障碍（DLCO<60%）患者及年龄和性别匹配的轻度至正常肺功能个体（DLCO≥60%）的全血样本进行了RNA测序（RNA-seq）。使用随机森林构建了用于最优分类的转录组特征。对转录组数据进行了生物学通路富集、细胞去卷积、细胞/组织特异性基因表达及候选药物分析。RNA-seq鉴定出1357个差异表达转录本。由14个mRNA组成的模型能够最优区分伴有严重弥散功能障碍的幸存者（AUC=0.979）。

肺部后遗症的标志性特征涉及细胞死亡信号传导、细胞骨架重组、细胞生长与分化以及免疫反应。静息自然杀伤（NK）细胞是预测严重弥散功能损害的最重要免疫细胞亚型。该特征谱的组成部分与中性粒细胞、淋巴细胞和单核细胞计数相关。在肺细胞亚型和身体组织中观察到转录本的表达谱存在差异。一个上调基因TUBB4A构成FDA批准药物的靶点。本研究明确了与急性期后肺部后遗症相关的转录程序，并为靶向干预和生物标志物开发提供了新见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。