巨噬细胞全基因组筛选鉴定调控脓肿分枝杆菌摄取宿主基因

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE221413

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数据说明

宿主细胞与病原体之间的初始相互作用可以决定疾病结局，并且是宿主导向疗法的重要靶点。脓肿分枝杆菌（Mab）是一种高度耐抗生素、快速生长的非结核分枝杆菌，可感染患有慢性肺病（如囊性纤维化）的患者。Mab可感染宿主免疫细胞（如巨噬细胞），从而促进其致病性。然而，我们对调节宿主与Mab初始相互作用的宿主基因仍知之甚少。在此，我们开发了一种功能遗传学方法，将Mab荧光报告基因与小鼠巨噬细胞的全基因组敲除文库相结合。我们利用该方法进行正向遗传筛选，以揭示参与巨噬细胞摄取Mab的宿主基因。我们鉴定了已知的吞噬作用调控因子，如整合素Itgb2，并发现了糖胺聚糖（sGAG）合成对于巨噬细胞高效结合Mab的关键需求。利用CRISPR-Cas9靶向三个关键的sGAG生物合成调控因子UGDH、B4GALT7和B3GAT3，可导致巨噬细胞对光滑型和粗糙型Mab变体的摄取均减少。

机制研究表明，sGAGs在病原体吞噬过程的上游发挥作用，并且是摄取Mab所必需的，但对大肠杆菌或乳胶微球的摄取则不然。进一步研究发现，sGAGs的缺失会降低关键整合素的表面表达，但不影响其mRNA表达，提示sGAGs在调节表面受体可用性方面发挥关键作用。这些研究共同在全球范围内界定并表征了巨噬细胞-Mab相互作用的重要调控因子，并为更深入理解参与Mab致病机制及疾病进程的重要宿主基因迈出了第一步。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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