COPD患者肺EV miRNA表达谱及炎症内型鉴定

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE218571

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性阻塞性肺疾病（COPD）是一种异质性疾病，目前缺乏有效的疾病修饰疗法。识别新型炎症内型标志物（如细胞外囊泡，EVs）——其作为携带微小RNA（miRNA）的重要细胞间信使——可能有助于实现早期诊断和疾病分层，从而指导靶向治疗策略。本研究旨在识别COPD患者肺组织中与健康戒烟者相比差异表达的EV miRNA，并确定其是否有助于界定炎症性COPD内型。我们从戒烟COPD患者和健康戒烟者的支气管肺泡灌洗液中分离EV miRNA并进行测序。结果通过RT-qPCR验证，并与差异炎症细胞计数进行比较。差异表达分析识别出COPD中5个上调miRNA（miR-223-3p、miR-2110、miR-182-5p、miR-200b-5p和miR-625-3p）和3个下调miRNA（miR-138-5p、miR-338-3p和miR-204-5p），均满足log2倍数变化>1/-1，FDR<0.05。这些miRNA与疾病定义特征相关，如FEF 25-75%（小气道疾病指标）和DLCO%（肺气肿的替代指标）。

受试者工作特征曲线分析显示，miR-2110、miR-223-3p和miR-182-5p在区分健康与轻度COPD方面表现出优异的联合预测能力（AUC 0.91，p<0.0001）。此外，miR-223-3p和miR-338-3p与气道嗜酸性粒细胞增多相关，并能够将“纯嗜酸性粒细胞型”COPD与其他气道炎症亚型区分开来（AUC分别为0.94和0.85）。这是首项在COPD支气管肺泡灌洗液细胞外囊泡中鉴定差异表达miRNA的研究。这些发现表明，肺源性的特定细胞外囊泡miRNA是疾病存在的强预测因子，即使在轻度COPD中也是如此。此外，特定miRNA与COPD中的炎症细胞数量相关，并可能在确定未来治疗分层的炎症内型方面发挥作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。