肺移植受者区域转录组特征分析数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE214434

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景与目的：同种异体移植物受者的长期结局因慢性肺移植物功能障碍（CLAD）或闭塞性细支气管炎综合征（BOS）的发生而受损，后者起病于肺外周。我们建立了大、小气道上皮细胞（分别称为LAEC和SAEC）的基线转录组谱，以识别与起病疾病无关的区域差异。方法：我们从肺同种异体移植物受者（n=4，42.5±4.2岁）获取配对的初代LAEC和SAEC，并建立初代培养。进行bulk RNA测序以确定差异表达基因。结果：我们观察到LAEC与SAEC之间转录程序的差异。转录因子（TF）在差异调控基因中排名前十。最丰富的TF家族包括C2H2-ZF、同源盒和bHLH。上游调控因子分析鉴定出同源盒基因在LAEC中显著。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析强调了TFs（ISL1、MSX1、HOXA1、GATA6、ZNF423）在气道调控中的作用。

此外，功能富集分析显示，LAEC中趋化作用、金属内肽酶/金属肽酶活性及促炎特征（IL17信号通路和RAGE）被激活，而SAEC则以表面活性物质代谢相关基因表达升高为特征。此外，SAEC中表达了肺泡细胞和棒状细胞相关基因，提示其具有下气道特异性特征。结论：我们的分析显示LAEC与SAEC之间存在显著的转录差异。我们提出同源盒转录因子家族以及免疫系统的激活可能在LAEC生物学中发挥潜在作用。相反，我们在SAEC中观察到类肺泡转录特征，包括气体交换信号和表面活性物质代谢——这些通路参与肺稳态维持。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。