COVID-19气道基底干细胞炎症记忆损害黏液纤毛分化的RNA-Seq数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE212411

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性肺病中的气道基底干细胞（BSCs）会积累记忆，从而促进疾病特异性发病机制。急性肺部感染是否也赋予BSCs炎症记忆以损害上皮再生，目前尚不清楚。在此，我们利用气管抽吸物（TA）作为支气管BSCs的可行来源，从有和无COVID-19（CoV19）的患者中衍生出多个BSC系。尽管SARS-CoV-2检测为阴性，来自CoV19患者的BSC系带有促炎基因特征，表现出早期细胞周期退出，并在气液界面（ALI）分化后显示杯状细胞发育不良。这些表型至少部分再现了通过生物信息学分析已有的BSCs单细胞转录组以及通过肺切片染色选定标志物所评估的CoV19患者BSCs中的变化。先前暴露于CoV19的BSCs中的这种记忆是由与基因失调相关的关键炎症基因位点染色体可及性增加以及持续性STAT3激活所介导的。阻断暴露于CoV19的BSCs中STAT3的过度激活可恢复ALI中的黏液纤毛分化。

综上所述，BSCs获得了对CoV19的表观遗传记忆，从而损害上皮再生。从TA衍生BSC提供了一种多用途的方法，用于模拟健康和肺部疾病中的气道上皮。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。