IL-13刺激对照组与哮喘患者原代人支气管上皮细胞的基因表达数据

该数据集来自 NCBI GEO(GSE206510),对来源于对照组个体和哮喘患者的已分化原代人支气管上皮细胞进行 IL-13 刺激后的基因表达 RNA 测序

geo
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时间序列分类GPL167919606
GSE206510: IL-13 stimulation of primary human bronchial epithelial cells in control individuals and patients with asthma.

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

IL-13刺激对照组与哮喘患者原代人支气管上皮细胞的基因表达数据

GSE206510 数据集来自 NCBI GEO,主题为对来源于对照组个体和哮喘患者的已分化原代人支气管上皮细胞进行 IL-13 刺激后的基因表达 RNA 测序。该数据集以高通量测序方式进行表达谱分析,涉及人类样本(9606),平台编号为 GPL16791,由 Wawrzyniak,Paulina 提交,发布时间为 Jun 20 202,本站将其归入呼吸系统疾病 / 其他分类。数据集仅包含 1 个文件,样例文件为 GSE206510_series_matrix.txt.gz,可为研究 IL-13 刺激下支气管上皮细胞转录组变化提供直接的数据基础。

【数据集背景】

该数据集关注呼吸系统疾病中的哮喘问题,研究设计围绕 IL-13 刺激展开。IL-13 是哮喘相关炎症反应中常被研究的细胞因子,而支气管上皮细胞是气道屏障与炎症信号交互的重要细胞类型。源站描述指出,研究者对来源于对照组个体和哮喘患者的已分化原代人支气管上皮细胞进行 IL-13 刺激,并开展基因表达 RNA 测序,以比较不同来源细胞在刺激条件下的表达谱。该数据集的主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL16791 和 9606,分别对应高通量测序表达谱分析、测序平台和人类物种信息。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE206510_series_matrix.txt.gz,格式为 GZIP 压缩包。该文件为系列矩阵文件,通常用于承载样本层面的表达谱数据及相关样本信息。数据集的核心内容是对已分化原代人支气管上皮细胞在 IL-13 刺激后的基因表达进行 RNA 测序所获得的表达谱数据,样本来源涵盖对照组个体与哮喘患者。除该文件外,源站未提供更多文件层面的细节。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI GEO,源站为 ncbi.nlm.nih.gov,数据集编号为 GSE206510。源站描述说明,研究者对来源于对照组和哮喘患者的已分化原代人支气管上皮细胞进行 IL-13 刺激,并开展 RNA 测序以获取基因表达信息。作者为 Wawrzyniak,Paulina,发布时间为 Jun 20 202。样本物种为人类(9606),测序平台编号为 GPL16791。其余采集地点、伦理审批及具体实验条件等信息源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病尤其是哮喘相关的转录组研究,可用于观察 IL-13 刺激后原代人支气管上皮细胞的基因表达谱变化,并比较对照组个体与哮喘患者来源细胞之间的表达差异。由于采用高通量测序表达谱分析,适合用于差异表达分析、通路层面探索以及候选基因筛选等通用研究用途。具体分析结论需结合数据本身和实验设计进行判断,源站未提供预设的分析结论或指标。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE206510_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段解析或编码不一致导致后续分析偏差。读取后可根据表达谱矩阵开展样本层面的比较分析。源站未提供更详细的分析流程或参数设置。

【质量与限制】

数据集仅包含 1 个文件,文件数量有限,使用前应核对文件完整性与字段一致性。源站未提供样本量、测序深度、质控指标、批次信息及缺失值情况等质量相关细节,因此无法对数据质量作出具体判断。该数据集聚焦于 IL-13 刺激下的原代人支气管上皮细胞表达谱,适用范围受研究设计和样本来源限制,不宜外推至其他细胞类型或刺激条件。发布时间为 Jun 20 202,年份信息不完整,源站未提供更精确的日期说明。

【引用与许可】

数据集作者为 Wawrzyniak,Paulina,来源站为 NCBI GEO,数据集编号为 GSE206510。使用时应遵循源站的引用要求并注明数据来源。源站未提供具体的许可条款、使用限制或授权说明,相关事宜需以源站发布信息为准。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE206510

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们对来源于对照组和哮喘患者的分化原代人支气管上皮细胞进行了IL-13刺激后的基因表达RNA测序。2型哮喘介质IL-13已被描述可诱导气道高反应性、杯状细胞化生、黏液过度分泌以及包括上皮屏障完整性受损在内的气道重塑。我们研究了IL-13作用下支气管上皮细胞中SARS-CoV-2相关宿主基因表达以及参与N-连接糖基化的基因的差异表达。受IL-13影响最大的通路包括离子和跨膜转运、脂质代谢过程以及蛋白质糖基化。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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