小鼠肺泡上皮细胞对三种无关呼吸道病毒感染转录组应答II

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE201471

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

鼻病毒（RV）已被证明能够抑制随后由异源性呼吸道病毒引起的感染，包括流感病毒和严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）。为更好地理解RV抵御肺部冠状病毒感染的机制，我们使用了一种天然鼠源病毒——小鼠肝炎病毒1型（MHV-1），该病毒可在感染小鼠肺部引起严重疾病。我们发现，用RV预先致敏呼吸道可完全防止致死性MHV-1感染的死亡并降低发病率。在RV预先致敏的小鼠肺部，MHV-1的复制减少，尽管仅感染MHV-1的小鼠中I型干扰素（IFN-b）表达更为强烈。我们进一步表明，I型干扰素信号传导是给予非致死剂量MHV-1的小鼠存活所必需的。RV预先致敏的小鼠肺部炎症和出血减轻，气道中白细胞尤其是中性粒细胞的浸润减少。RV介导的呼吸道致敏可保护小鼠免受致死性肺部冠状病毒感染。该模型可用于理解异源病毒在呼吸道共感染期间如何相互影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。