整合遗传与基因组网络识别与COPD和ILD相关的microRNA

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE201121

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性阻塞性肺疾病（COPD）和间质性肺疾病（ILD）在临床和分子层面均具有异质性。我们运用聚类分析和整合网络分析，以阐明微小RNA（miRNA）及miRNA异构体（isomiR）在COPD和ILD发病机制中的作用。对351份肺组织样本进行了短RNA测序，包括COPD（n=145）、ILD（n=144）和对照（n=64）。识别出五个不同的样本亚簇，其中包括1个COPD优势簇和2个ILD优势簇，这些亚簇与疾病严重程度的不同临床测量指标相关。利用262份具有基因表达和SNP微阵列数据的样本，我们构建了疾病特异性遗传和表达网络，以预测基因表达的关键miRNA调控因子。已知通过抑制Notch通路促进气道分化的miR-449/34家族成员，在COPD和ILD网络中均为连接度最高的miRNA之一。在疾病网络中与miR-449/34成员相关的基因，富集于在气液界面气道分化过程中表达增加的基因之中。

在miR-34c-5p位点鉴定出一种高表达且含有新型种子序列的isomiR。该isomiR的反相关预测靶标中有47%不同于miR-34c-5p的经典种子序列。过表达经典miR-34c-5p及具有替代种子序列的miR-34c-5p isomiR均下调NOTCH1和NOTCH4。然而，仅过表达该isomiR才能下调参与Ras信号通路的基因，如CRKL和GRB2。总体而言，这些发现阐明了COPD和ILD患者中固有的分子异质性，并进一步提示miR-34c在调控疾病相关基因表达中的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。