COVID-19人源化小鼠肺转录组分析 [scRNAseq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE199272

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数据说明

通过移植人类造血干细胞和祖细胞（HSPCs）培育出的具有人类免疫系统的小鼠（人源化小鼠），是研究人类免疫系统在体内发育和功能的宝贵工具。MISTRG6小鼠模型采用人/鼠同源基因替换策略进行工程化改造，为几乎所有类别的人类HSPCs在小鼠体内发育提供生理因子。MISTRG6（基因替换首字母缩写）小鼠在Rag2/共同γ链缺失背景下，编码人源化M-CSF（促进单核细胞和组织巨噬细胞发育）、GM-CSF/IL-3（提供肺泡巨噬细胞）、SIRPa（建立巨噬细胞对人细胞的耐受）、ThPO（造血和血小板生成）以及IL-6（改善植入，使得能够研究成人患者，并改善抗原特异性抗体应答以及人IL-6本身）。

通过改造重组腺相关病毒（AAV）驱动的基因治疗，将hACE2递送至肺部，使移植了HPSC的MISTRG6小鼠能够感染SARS-CoV-2，我们由此创建了一种COVID-19人源化小鼠模型。该模型再现了人类先天性和适应性免疫系统的分布与功能，适用于对COVID-19及其众多并发症的机制研究。我们在该模型中评估了肺部转录景观及对治疗的反应。首先，我们通过聚焦全肺组织中差异调控的人类基因，评估了抗IFNAR2与瑞德西韦联合治疗以及对照性地塞米松治疗对SARS-CoV-2感染的MISTRG6-hACE2小鼠免疫转录组的影响。我们从感染后第7天（7dpi）开始，用瑞德西韦、抗IFNAR2抗体或两者联合治疗感染的MISTRG6-hACE2小鼠，以序贯靶向病毒复制和感染下游的IFN依赖性级联反应。作为对照，我们还用地塞米松治疗了小鼠，地塞米松是少数能显著降低住院率和死亡率的治疗方法之一，在

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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