中性粒细胞清除与未清除组织的昼夜节律转录谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE198770

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们此前报道，中性粒细胞以昼夜节律方式浸润大多数组织，并从循环中清除（Casanova-Acebes等，2018）。在当前研究中，我们假设中性粒细胞是屏障组织基质的相关贡献者，因此它们的清除应在基质相关基因表达的昼夜节律模式中留下时间印记。为回答这一问题，我们从野生型和中性粒细胞清除动物的骨髓、肺、肝、肠和皮肤中生成了昼夜节律转录数据集。对该数据集中获得的基质相关基因昼夜节律模式的分析表明，中性粒细胞清除后，这些基因在所分析组织中的时间表达模式受到破坏。这直接表明中性粒细胞参与多种组织中基质组织的昼夜节律生物学。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。