单细胞分析揭示与抗真菌疫苗效力相关的新型CD4+ T细胞群体

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE198466

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

记忆T细胞是疫苗诱导免疫的基础，但目前尚未被完全理解。为了区分赋予保护性免疫的记忆细胞特征，我们采用单细胞转录组分析，比较了接受保护性或非保护性亚单位疫苗后、再以真菌病原体攻击的小鼠肺部召回的记忆抗原特异性CD4+ T细胞。我们意外地发现了保护性所特有的细胞群体，其表达强烈的I型干扰素应答特征，且这一独特的转录特征似乎非传统地依赖于IFNγ受体。我们还检测到一个在保护性中富集的独特群体，其高表达趋化因子CCL5和自然杀伤细胞标志物NKG7的基因。最后，我们检测到保护性与非保护性疫苗后TCR基因使用的差异，以及分别偏向Th1和Th17应答的差异，反映了表达Ifng和Il17a的异质性群体。我们的发现突出了与保护性疫苗诱导免疫相关的转录多样性且独特的抗原特异性T细胞的关键特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。