WT与CGD小鼠真菌PAMPs刺激后肺中性粒细胞亚群转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE198154

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

白细胞NADPH氧化酶2（NOX2）以不依赖其抗微生物活性的方式调节炎症。NOX2的遗传性缺陷会导致慢性肉芽肿病（CGD），该病与反复发生的细菌和真菌感染相关，常伴有过度中性粒细胞性炎症，从而造成显著的炎症负担和组织损伤。我们此前已证明，NOX2缺陷小鼠中性粒细胞产生过多的白三烯B4是肺部初次应对真菌颗粒酵母聚糖刺激时中性粒细胞浸润升高的关键驱动因素（Song等，Blood 135, 891-903）。我们现在发现IL-1β及其下游G-CSF是额外的放大信号，可增强并维持CGD小鼠中性粒细胞的聚集。通过LTB4被输送至肺部的中性粒细胞是气道内IL-1β的主要来源，并且它们在CGD肺内数量的增加导致局部和血浆G-CSF显著升高。

G-CSF升高同时促进了粒细胞生成的增加，并动员更多未成熟的CD101neg中性粒细胞亚群从骨髓释放，这些细胞迁移至肺部，在CGD小鼠中相较于WT小鼠获得了显著更强的促炎转录组。因此，中性粒细胞在针对真菌细胞壁的急性反应中产生的IL-1β与LTB4序贯但非冗余地发挥作用，以部署中性粒细胞并放大CGD小鼠的炎症反应。这阐明了NOX2在抑制中性粒细胞募集的前馈管道多个环节中的关键作用，并突显了NOX2作为炎症部位中性粒细胞数量和功能的关键调节因子。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。