b2整合素对多形核粒细胞效应功能的作用

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE195444

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：β2整合素是异二聚体表面受体，特异性表达于白细胞，由可变的α亚基（CD11a-d）和共同的β亚基（CD18）组成。CD18功能受损可导致1型白细胞黏附缺陷症，表现为以严重感染为特征的免疫受损状态，如侵袭性肺曲霉病（IPA）。其潜在的免疫缺陷主要归因于多形核粒细胞（PMN）迁移和吞噬活性受损。然而，β2整合素在体内对PMN功能的确切贡献尚未阐明，因为现有小鼠模型表现为组成性CD18敲除（CD18-/-或CD18hypo）。为确定β2整合素在先天效应功能和病原体控制中的PMN特异性作用，我们构建了Ly6G特异性敲低共同β亚基的小鼠品系（CD18DLy6G）。方法：我们使用RNA测序分析了来自CD18DLy6G小鼠和CD18fl/fl小鼠的经处理和未经处理PMN中与β2整合素信号传导相关基因的表达水平。

为确定上调或下调最显著的基因，依据log2[倍数变化]的最大似然估计对基因进行排序，P值截断值设定为0.05。结果使用pheatmap包进行展示。功能相互作用网络在开源平台Cytoscape中使用STRING包进行可视化。结果：我们的结果揭示了b2整合素的下调，而参与NFkB信号传导的基因则上调。关于PMN效应功能，我们观察到参与PMN趋化性和杀菌功能（如Defb40）的基因下调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。