儿童ARDS鼻腔与支气管刷检下一代测序数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE192364

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在确定鼻部转录组学能否用于表征儿童急性呼吸窘迫综合征（PARDS）患者潜在的病理生物学特征并预测其临床病程。符合PARDS共识标准或入住儿科重症监护病房且无肺病的对照受试者，在第1、3、7和14天接受鼻细胞学刷检。比较这些刷检样本的基因表达以识别亚型并描述临床病程。若进行支气管镜检查，则同时采集鼻部和支气管刷检样本。我们识别出四个PARDS亚组，分别命名为A、B、C和D。B亚组的特征是炎症和纤毛细胞功能障碍。D亚组的特征是上皮干细胞mRNA减少而无炎症。A亚组为炎症低下且上皮细胞修复重要通路上调。C亚组纤毛细胞基因增加。对照样本几乎完全与C亚组聚类，但一例发展为PARDS的样本与B亚组聚类，数例发生肺损伤的样本与B亚组和A亚组聚类。随时间推移，D亚组和B亚组转变为A亚组，A亚组再转变为C亚组。

支气管和鼻部的基因表达相似。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。