人鼻腔、支气管与附睾上皮scRNA-seq比较分析揭示细胞功能与身份

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE191041

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

位于不同解剖部位但具有相似功能的组织内细胞之间的进化关系，具有重要的生物学意义。单细胞RNA测序（scRNA-seq）方案的发展极大地增强了探讨这一课题的机会。本文聚焦于衬覆人呼吸道两个区域和男性生殖管道的上皮细胞，以描绘不同细胞群体共有的分化功能。利用转录组数据评估人支气管、鼻腔和附睾上皮（HBE、HNE和HEE）的基因表达谱。批量RNA-seq显示鼻腔和支气管上皮细胞中表达许多共有基因，并突显了它们与附睾上皮的差异。HBE和HNE细胞中的scRNA-seq证明基底细胞和分泌细胞群体内存在重叠的基因表达模式。此外，与健康供者来源的细胞相比，囊性纤维化（CF）供者来源的HNE细胞中细胞类型分布发生了改变。

接下来，将HBE和HNE数据集进行合并，并确认了两个位点细胞类型基因表达谱的交集，但HBE样本中最丰富的细胞类型是分泌细胞和纤毛细胞，而HNE中则观察到更多的基底细胞。随后，我们合并了附睾的单细胞数据，以确定这些细胞的重叠功能是否与气道中的相对应。值得注意的是，只有肺离子细胞/附睾透明细胞显示出高度保守的特征，这一发现通过相同细胞的bulk RNA-seq数据集中的插补得到了证实。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。