GSE19030：小鼠急性肺损伤中PBMC基因表达谱刻画炎症阶段

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE19030

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的死亡率约为50%，且常与感染（脓毒症）相关。机械通气的生命支持治疗可挽救许多患者，但叠加感染或多器官衰竭仍可导致死亡。脓毒症患者的结局在很大程度上取决于感染前既有的炎症程度。在本研究中，我们采用转录组学方法和动物模型描述了炎症过程的各个阶段。雌性C57BL6/J小鼠接受静脉注射油酸以诱导急性肺损伤。使用9900 cDNA小鼠微阵列（MUSV29K）分析PBMC的表达模式。我们的基因表达分析显示，免疫和炎症反应代谢通路发生了显著变化，尤其是脂质代谢和转录。早期促炎阶段（1小时至1小时30分）的特征是免疫反应的释放和炎症机制的激活。后期（3至4小时），免疫细胞通过与血管内皮细胞相互作用迁移至炎症组织。

最后，在肺部炎症的晚期阶段（18-24小时），代谢受到严重干扰。高表达的促炎细胞因子激活了许多基因的转录以及脂质代谢。对肺部炎症期间发生的关键事件进行全局性概览，对于理解诸如脓毒症这类炎症与感染相互交织的感染性病理至关重要。从此，将病原体在转录水平上的影响与炎症相关感染所引起的整体基因表达改变区分开来成为可能。此外，我们的工作还鉴定出参与炎症反应的基因。其中若干基因可能成为基因治疗的潜在靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。