COVID-19患者RNA测序鉴定中性粒细胞活化生物标志物作为感染诊断平台

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE189990

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

SARS-CoV2病毒感染的表现可从无症状、类似流感伴中度症状，到危重症不等。重症称为COVID-19，表现为急性呼吸功能恶化，常致命。为理解这种高度变异的临床表现并识别疾病严重程度的生物标志物，对重症监护病房中COVID-19患者的血液RNA进行了全转录组RNA测序分析。SARS-CoV2感染和COVID-19综合征的严重程度均与中性粒细胞相关转录本（如中性粒细胞防御素1，DEFA1）表达高达25倍增加相关，并与T细胞相关转录本（如T细胞受体，TCR）减少3-5倍相关。当通过全血RNA的ddPCR检测病毒血症时，DEFA1 RNA水平检测SARS-CoV2病毒血症的灵敏度为95.5%。来自COVID-19患者的纯化CD15+中性粒细胞丰度增加，并显示DAPI核DNA染色显著增强。同时，它们显示出比正常对照高>10倍的弹性蛋白酶活性，且在校正其丰度增加后，每个细胞的弹性蛋白酶活性仍高5倍。

尽管CD15+中性粒细胞弹性蛋白酶活性较高，但同一患者血浆中的弹性蛋白酶活性极低。总体而言，这些数据支持这样一个模型：中性粒细胞活性增加和T细胞活性降低与COVID-19严重程度增加相关，并提示血液DEFA1 RNA水平和中性粒细胞弹性蛋白酶活性（两者均参与中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）的形成）可能是病毒感染后宿主免疫活动的有用生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。