GSE18781：炎症性疾病中的基因表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE18781

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们假设结节病患者具有特征性的mRNA谱。对外周血进行基因表达的微阵列分析。将结节病患者的外周血与对照组比较，在变化倍数>1.5倍且q值显著的情况下，有872个转录本上调，1039个转录本下调。若干与干扰素和STAT1相关的转录本上调。肺和淋巴结分析也显示STAT1及STAT1调节的趋化因子显著增加。结节病患者淋巴结中的肉芽肿表达丰富的STAT1和磷酸化STAT1。STAT1可能在结节病中发挥重要作用。这一新假说将关于结节病看似不同的观察结果统一起来，包括干扰素可能发挥的偶然作用、疑似感染触发因素、支气管肺泡灌洗液中以TH1为主的淋巴细胞，以及与高钙血症的关联。本研究检验了以下假说：与健康对照相比，SpA患者外周血具有独特的基因表达模式。

研究采用高密度人GeneChip®探针阵列，对18名脊柱关节炎（SpA）患者及25名正常个体的外周血细胞mRNA进行了表达谱分析。样本分两批在不同时间处理。采血时，患者未接受系统性免疫调节治疗。差异表达定义为变化倍数达1.5倍且q值小于5%。同时，还研究了基因本体论及通路信息。在第一批和第二批样本中，有134个探针组（代表95个已知及12个未知基因转录本）的信号与对照组持续存在差异。其中包括与免疫或炎症反应明显相关的20个基因转录本，如白介素-1受体1和2、NLRP2、SLPI、SPARC及TREM-1，以及在骨重塑中发挥重要作用的4个转录本。我们的观察结果

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。