GSE18712：基因表达谱刻画小鼠急性呼吸窘迫综合征炎症阶段

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE18712

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数据说明

急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的死亡率约为50%，且常与感染（脓毒症）相关。辅助通气的生命支持治疗可挽救许多患者，但叠加感染或多器官衰竭仍可导致死亡。脓毒症患者的发展结局在很大程度上取决于感染前已存在的炎症程度。在本研究中，我们采用转录组学方法描述了炎症过程的各个阶段。雌性C57BL6/J小鼠接受静脉注射油酸以诱导急性肺损伤，并使用9900 cDNA小鼠微阵列（MusV29K）分析肺部表达模式。我们的基因表达分析揭示了免疫和炎症反应代谢通路中的显著变化，尤其是脂质代谢和转录。早期促炎阶段（1小时至1小时30分）以免疫应答的释放和炎症机制的激活为特征。后期（3至4小时），免疫细胞通过与血管内皮细胞相互作用迁移至炎症组织。最后，在炎症晚期阶段（18至24小时），代谢受到严重扰动。

高表达的促炎细胞因子激活了许多基因的转录以及脂质代谢。对肺部炎症期间发生的关键事件进行全局性概览，对于理解诸如脓毒症这类炎症与感染交织的感染性病理至关重要。从此，将病原体在转录组水平上的影响从与炎症相关的感染所导致的全局基因表达改变中分离出来成为可能。此外，我们的工作还识别出了参与炎症反应的基因。其中，若干基因可能成为基因治疗的候选对象。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。