COPD与非病变鼻咽及支气管类器官单细胞RNA-seq特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE186017

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

临床COPD以间歇性和感染性急性加重为特征，目前缺乏用于研究宿主-病原体关系的细胞模型系统。我们从COPD患者和健康个体建立了鼻咽和支气管类器官。与健康类器官相比，COPD类器官表现出标志性的杯状细胞增生表型，纤毛摆动频率降低，导致黏液纤毛清除功能受损。通过单细胞转录组分析，与非患病样本相比，COPD类器官中细胞分化的平滑轨迹被破坏，并且参与COPD发生和进展的功能通路，包括线粒体功能障碍和sirtuin信号传导，在COPD模型中被激活。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。