特发性肺纤维化与对照肺成纤维细胞RNA测序数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE185492

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

已进行RNA测序以研究来源于特发性肺纤维化（IPF）和对照（CTR）肺尖部与基底部的成纤维细胞的转录组图谱。将肺成纤维细胞培养于T25培养瓶中直至完全汇合。随后使用0.05%胰蛋白酶-EDTA通过胰酶消化收获成纤维细胞，并在磷酸盐缓冲液（PBS）中洗涤。使用RNeasy Mini试剂盒方案提取RNA。随后将样本送至澳大利亚基因组研究机构（AGRF），提交1μg RNA进行下一代测序。原始数据返回后，进行了生物信息学分析。结果显示，从IPF和CTR供者分离的肺尖部成纤维细胞在转录组水平上差异很小。相比之下，IPF与CTR肺基底部成纤维细胞之间的基因表达存在显著差异，在IPF基底部成纤维细胞中鉴定出90个差异表达基因（DEGs）。对这90个DEGs的基因本体分析表明，最重要的功能与受体配体活性、细胞黏附分子结合和整合素结合相关。

此外，从对照肺基底和肺尖部位分离的成纤维细胞无显著差异。有趣的是，IPF患者肺基底成纤维细胞的转录组谱与同一患者肺尖成纤维细胞存在显著差异。与IPF肺尖成纤维细胞相比，IPF肺基底成纤维细胞中鉴定出303个差异表达基因（DEGs）。对这303个DEGs进行GO分析显示，所鉴定失调基因的最重要功能与细胞外基质（ECM）的组成和功能相关。进一步的通路分析鉴定出4条信号通路，即致心律失常性右心室心肌病、钙信号通路、扩张型心肌病和造血细胞谱系。一个有趣的发现是，这些IPF肺基底成纤维细胞聚集在

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。