GSE184678：Caspase-11促进SARS-CoV-2感染中的炎症和血栓形成

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE184678

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数据说明

SARS-CoV-2感染是全球性的健康问题，需要新的治疗策略来减少病毒诱导的炎症性组织损伤。靶向炎症性先天免疫通路具有治疗前景，但有效的分子靶点仍难以确定。在此，我们显示先天免疫蛋白人caspase-4（CASP4）及其小鼠同源物caspase-11（CASP11）在SARS-CoV-2感染中表达上调，且CASP4表达与人类SARS-CoV-2感染的严重程度相关。感染SARS-CoV-2的Casp11-/-小鼠在体重减轻和肺损伤方面比WT小鼠感染程度更轻。值得注意的是，这些表型在缺乏CASP11下游效应分子gasdermin D的小鼠（Gsdmd-/-）中并未重现，尽管所有组的病毒滴度相似。对感染后WT和Casp11-/-肺组织的全局转录组分析发现炎症和中性粒细胞基因特征减少。我们证实，Casp11-/-肺组织中炎症介质IL-1β和CXCL1的蛋白水平以及中性粒细胞浸润均降低。

此外，Casp11-/-小鼠肺部表达的血管性血友病因子（内皮功能障碍的标志物）较少，而具有抗血栓功能的转录因子Kruppel样因子2（KLF2）表达较多。因此，CASP11被确立为SARS-CoV-2感染中血液凝血障碍的上游调控因子。总体而言，我们的结果表明，CASP11促进SARS-CoV-2相关的有害炎症和凝血障碍，从而将CASP11确定为治疗和预防COVID-19组织损伤的有前景的药物靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。