机械调控人肺肺泡芯片抗病毒先天免疫应答II

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE178266

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

与呼吸相关的机械力在肺发育和疾病中发挥基础性作用，但其分子通路在很大程度上仍不清楚。在此，我们使用一种可机械驱动的人肺泡芯片，该芯片可重现人肺泡I型和II型细胞分化、肺泡-毛细血管界面形成以及远端肺特征性全基因组基因表达谱，以研究与周期性呼吸运动相关的物理力在肺对病毒感染的先天免疫应答中的作用。当机械活性肺泡芯片感染甲型H3N2流感病毒时，芯片上会引发一系列宿主反应，包括肺上皮细胞和内皮细胞中细胞因子产生增加和炎症相关基因表达增强，从而导致循环免疫细胞募集增强，正如体内病毒感染时所发生的那样。令人惊讶的是，与静态芯片平行开展的研究揭示，生理性呼吸运动通过激活上皮细胞和内皮细胞中的保护性先天免疫应答来抑制病毒复制。

这至少部分是通过上调S100钙结合蛋白A7（S100A7）介导的，S100A7与晚期糖基化终产物受体（RAGE）结合，后者是一种炎症介质，在体内肺泡中表达最高。现有的RAGE抑制剂药物能够抑制该模型中流感病毒感染引起的炎症细胞因子产生，这一发现进一步支持了这种机械免疫学控制机制。因此，S100A7-RAGE相互作用及机械通气参数的调节，可作为感染流感及其他可能导致危及生命的肺部炎症的潜在大流行病毒患者治疗干预的新靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。