GSE172232：比较原代人气道模型基因表达用于囊性纤维化精准医学

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE172232

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

理由：培养的人支气管上皮细胞（HBE）是评估小分子疗法治疗囊性纤维化（CF）疗效的金标准模型。然而，这些细胞难以获取，尤其是在幼儿中。人鼻上皮细胞（HNE）被用作替代模型，但尚不清楚HNE是否能重现HBE的基因表达特征。目的：研究HBE与HNE在全基因组范围内基因表达的异同，重点关注CF肺病修饰基因。方法：对来自21例接受肺移植的CF患者的配对培养及新鲜HNE和HBE（n=71份样本）进行RNA测序。首先比较培养与新鲜样本间的基因表达以评估培养过程的影响，然后比较培养的HNE与HBE之间的基因表达。比较培养HNE与HBE之间CF修饰基因的共表达关系。结果：培养过程对CF肺病修饰基因的表达水平影响甚微。这些基因在培养的HNE与HBE之间也显示出显著的等效表达。

在培养的HNE和HBE中，它们的共表达关系显著重叠，表明这两个组织中相应的生物学过程是一致的。结论：CF肺病修饰基因在培养的HNE和HBE中具有相似的表达谱。这支持使用HNE作为替代气道模型来研究CF肺病、修饰基因，并促进CF精准医学的研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。