单细胞RNA测序鉴定IGFBP5与QKI

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE167295

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

全肺组织转录组分析研究在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中已识别出若干与气流受限严重程度和/或肺气肿存在相关的基因，然而，驱动这些基因表达特征的相关细胞类型仍未明确。scRNA seq数据的t-分布随机邻域嵌入和聚类分析共揭示了17个不同的细胞群体。其中，在病例与对照之间差异表达基因较多（对数倍数变化>|0.4|且FDR=0.05）的群体分别为单核细胞（n=1499）、巨噬细胞（n=868）和纤毛上皮细胞（n=590）。利用GSEA，我们发现仅纤毛细胞和细胞毒性T细胞表现出对先前报道的127个区域性肺气肿基因特征富集的趋势（归一化富集分数[NES]分别为1.28和1.33，FDR分别为0.085和0.092）。在COPD肺组织纤毛上皮细胞中存在的显著改变的基因中，QKI和IGFBP5蛋白水平也被发现在COPD肺组织中发生改变。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。