单核RNA测序多组学揭示与SARS-CoV-2感染相关宿主基因的年龄动态调控 [scRNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE161382

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

呼吸衰竭是COVID-19致死的主要原因，且对成年人的影响远超儿童。在此，我们展示了一个大规模的人类肺部snATAC-seq数据集（90,980个细胞核），该数据集与snRNA-seq（46,500个细胞核）同步生成，样本来自约30周、约3岁和约30岁的健康捐赠者。聚焦于与SARS-CoV-2细胞入侵相关的基因，我们观察到与年轻肺部相比，成年肺部中表达ACE2和TMPRSS2的肺泡上皮细胞比例增加。与表达动态一致，与TMPRSS2相关的10个染色质峰随年龄增长表现出显著增强的活性，并含有IRF和STAT结合位点。此外，我们在随年龄增长的峰中识别出14个具有预测调控功能的常见序列变异，其中几个与呼吸系统特征及TMPRSS2表达相关。我们的发现揭示了儿童对COVID-19更具抵抗力的一个可能原因，并为将这种抵抗力转移到老年人群提供了表观基因组学基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。