三维人肺泡干细胞培养模型揭示对SARS-CoV-2的感染反应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE159316

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）是当前全球大流行的病因，它感染人肺泡II型（hAT2）细胞。表征其发病机制对于疫苗和治疗方法的开发至关重要。然而，缺乏能反映hAT2细胞生理和病理特征的模型限制了相关研究。在此，我们开发了一种无饲养层、长期三维（3D）培养hAT2细胞的技术，并研究了其对SARS-CoV-2感染的应答。通过基于图像的分析和单细胞转录组 profiling，我们揭示了感染hAT2细胞中病毒的快速复制以及干扰素相关基因和促炎基因表达的增加，表明存在强烈的内源性先天免疫反应。进一步追踪传播过程中获得的病毒突变，我们发现单个病毒侵入即可有效实现单个细胞的完全感染。我们的研究深入揭示了SARS-CoV-2的发病机制，并展示了明确的3D hAT2培养物作为呼吸系统疾病模型的应用前景。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。