颗粒物暴露剂量与时长对支气管上皮细胞转录组和DNA甲基化组的影响 [RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE155616

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数据说明

支气管上皮细胞衬覆于呼吸道气道内壁，当暴露于细颗粒物（< 2.5 µm）PM（PM2.5）时，其基因表达和DNA甲基化会发生全基因组水平的变化。尽管其他研究已报道了其中部分变化，但尚未有研究比较不同暴露剂量和暴露时长对基因转录组和DNA甲基化组的影响。我们将支气管上皮细胞系BEAS-2B单次暴露于高剂量（30 µg/cm2）或低剂量（1 µg/cm2）的PM2.5（2015年采集自中国北京）24小时。我们还将BEAS-2B细胞每日重复暴露于低剂量（1 µg/cm2）PM2.5，连续七天。随后，我们检测了转录组变化（通过RNA-Seq）和DNA甲基化组变化（通过增强型简化代表性亚硫酸氢盐测序）。细胞单次暴露于高剂量（30 µg/cm2）PM2.5 24小时后，基因表达发生了广泛变化。这些基因富集于调控MAPK信号传导、PI3K-Akt信号传导、细胞因子相互作用、IL6和P53的通路中。

DNA甲基化组分析显示，近一半的差异表达基因也出现了DNA甲基化改变。暴露于较低剂量（1 µg/cm²）PM2.5的细胞表现出相似但更为减弱的基因表达变化。然而，反复暴露于PM2.5七天后的细胞，与单次暴露相比，出现了一组不同的差异表达基因。反复低剂量暴露所发生的DNA甲基化改变也与单次高剂量暴露不同，且倾向于整体低甲基化。这种低甲基化与ten-eleven易位酶表达的升高相对应。总体而言，这些数据表明PM2.5暴露剂量和持续时间的变化如何导致支气管上皮细胞转录组和DNA甲基化组谱产生明显差异。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。