chr11p13修饰区ELF5与EHF协同调控数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE131084

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

E74样因子5（ELF5）和ETS同源因子（EHF）是由位于chr11p13区域的基因编码的上皮选择性ETS家族转录因子（TFs），该区域与囊性纤维化（CF）肺病严重程度相关。EHF调控肺上皮功能中的许多关键过程，因此其调控机制十分重要。我们利用CRISPR/Cas9技术，从气道上皮细胞中移除了chr11p13区域的三个顺式调控元件（CREs）。删除EHF基因座处一个长链增强子内的两个增强子和一个CRE引起了染色质结构的细微变化，尽管EHF表达未发生变化，但ELF5丰度增加。ELF5在气道细胞中通常极低，因此我们接下来检测了表达更多ELF5的细胞类型（LNCaP和T47D）。在这些细胞系中进行的ATAC-seq实验揭示了chr11p13 5‘端与表达的ELF5基因相关的开放染色质新峰（潜在CREs）。此外，4C-seq实验鉴定出活跃的ELF5启动子与EHF基因座内位点之间的直接相互作用，提示这些转录因子之间存在协同调控。

在T47D细胞中进行的ELF5 ChIP-seq显示，ELF5占据EHF内含子1和6区域，且siRNA介导的ELF5敲低抑制了EHF表达。这些结果定义了ELF5在肺上皮生物学中的新作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。