肺泡巨噬细胞转录程序与急性呼吸窘迫综合征无呼吸机天数相关

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE116560

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

理由：对急性呼吸窘迫综合征（ARDS）患者肺泡巨噬细胞（AMs）全基因组转录变化进行连续测量，可识别与临床结局相关的动态生物学过程。目的：确定AM转录程序与ARDS病程中无呼吸机天数（VFDs）复合终点之间的关联。方法：我们对从ARDS患者支气管肺泡灌洗液中纯化的AMs进行了无偏倚的全基因组转录谱分析。细胞分别于基线（第1天）、ARDS发病后第4天和第8天获取。我们在各时间点评估了VFDs > 0（VFD-拔管/存活）与VFDs = 0（VFD-插管/死亡）受试者的通路富集情况。测量方法与主要结果：我们发现，根据VFD状态分组，ARDS患者在所有时间点的AM转录模式存在高度差异（FDR < 0.05）。与VFD-插管/死亡受试者相比，VFD-拔管/存活受试者第1天分离的AMs中，“M1样”及促炎基因集（如IL-6-JAK-STAT信号通路）显著富集。

相比之下，这些相同的基因集中有许多在第8天与VFD-插管/死亡受试者相关。在具有各时间点样本的患者中，我们识别出多个AM基因簇，其时间表达模式与VFD状态相关。在直接（肺内）与间接（肺外）ARDS受试者中，AM表达谱与VFD之间的关系截然不同。结论：ARDS病程中具有临床意义的结局与高度不同的AM转录程序相关。我们的发现提示，针对肺泡免疫反应的干预措施应在严格界定的时间段内进行测试。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。