镰状细胞病小鼠肺组织表达谱数据集

数据旨在比较人源化 SCD Berkeley 小鼠肺组织与野生型对照肺组织的基因表达差异,包含 1 个文件(GSE114709_series_matrix.txt.gz),主题标签涉及表达谱芯片分析、平台 GPL20775 及物种编号 10090

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基因组分类Expression profiling by arrayGPL2077510090
GSE114709: Sickle Cell Disease mouse lung

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

镰状细胞病小鼠肺组织表达谱数据集

GSE114709 是一个聚焦镰状细胞病(Sickle Cell Disease, SCD)小鼠肺组织的基因表达数据集,源站标题为“Sickle Cell Disease mouse lung”,在本地分类中归入呼吸系统疾病 / 其他。该数据集的核心目的,是确定人源化 SCD Berkeley 小鼠肺组织相较于野生型(WT)对照肺组织在基因表达层面的差异。数据集由 Morayo G. Adebiyi 提交,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,共包含 1 个文件,样例文件为 GSE114709_series_matrix.txt.gz。主题标签涉及表达谱芯片分析、平台 GPL20775 以及物种编号 10090,整体属于以芯片为基础的转录组表达谱研究资源。

【数据集背景】

镰状细胞病是一种以血红蛋白异常为特征的遗传性疾病,其病理影响并不局限于血液系统,肺部并发症是该疾病重要的临床关注点之一。为在可控的实验体系中研究疾病对肺组织基因表达的影响,该数据集采用人源化 SCD Berkeley 小鼠模型,并将其肺组织与野生型对照肺组织进行比较。源站描述明确指出,该研究的目的是确定人源化 SCD Berkeley 肺组织相对于 WT 对照肺组织的基因表达情况。这一设计使数据集可用于观察疾病模型下肺组织转录层面的变化方向与范围。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,即 GSE114709_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的表达谱矩阵文件。主题标签显示其数据类型为表达谱芯片分析(Expression profiling by array),关联平台为 GPL20775,物种编号为 10090。数据内容围绕人源化 SCD Berkeley 小鼠肺组织与野生型对照肺组织的基因表达比较展开,样本分组信息、探针或基因层面的具体条目、表达值分布等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Morayo G. Adebiyi,发布时间为 May 21 201。数据采集所依托的生物学对象为人源化 SCD Berkeley 小鼠与野生型对照小鼠的肺组织,检测方式为表达谱芯片。关于样本数量、取材流程、实验批次、芯片杂交与扫描参数等具体采集信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其研究设计,该数据集适用于探讨镰状细胞病模型小鼠肺组织中基因表达差异的分析场景,例如比较人源化 SCD Berkeley 与野生型对照之间的表达谱变化、筛选差异表达基因,以及作为呼吸系统疾病相关转录组研究的参考数据。由于主题标签涉及表达谱芯片分析与特定平台 GPL20775,也可用于与该平台相关的数据整合或方法学比较。涉及临床样本、人群验证或蛋白层面的结论,源站未提供相应支持。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE114709_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段结构与编码方式,确认无误后再批量接入后续分析流程。关于矩阵文件中具体字段含义、注释信息及配套分析步骤,源站未提供。

【质量与限制】

数据集仅包含 1 个文件,样本规模、重复设置、质控指标与归一化方法等信息源站未提供,因此难以从现有描述判断其统计效力与技术质量。使用时应以源站原始记录为准,并注意该数据基于小鼠模型,向其他物种或临床情境外推需谨慎。发布时间记为 May 21 201,年份信息不完整,源站未提供进一步说明。

【引用与许可】

数据作者为 Morayo G. Adebiyi,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式、许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE114709

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

To determine gene expression in humanized SCD Berkeley lung compared to WT control lung

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