GSE10474:急性肺损伤的微阵列分析

可用于探索 ARDS/ALI 中特定基因集合之间的相互作用,支持呼吸系统疾病相关的表达谱分析(来源 NCBI)。源站首次发布:Feb 12 200

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基因组分类Expression profiling by arrayGPL5719606
GSE10474: Microarray Analysis of Acute Lung Injury

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

GSE10474:急性肺损伤的微阵列分析

GSE10474 是一个围绕急性肺损伤开展的微阵列分析数据集,英文标题为“Microarray Analysis of Acute Lung Injury”,由 NCBI 收录,本站将其归入呼吸系统疾病下的其他类别。该数据集面向急性呼吸窘迫综合征(ARDS)与急性肺损伤(ALI)相关基因表达研究,主题标签包括表达谱芯片分析、GPL571 平台以及物种编号 9606。数据集共包含 1 个文件,样例文件名为 GSE10474_series_matrix.txt.gz,作者为 Judie、Ann、Howrylak,源站首次发布时间为 Feb 12 200。整体而言,该数据集适合用于探索 ARDS/ALI 中特定基因集合之间的相互作用,并支持呼吸系统疾病相关的表达谱分析。

【数据集背景】

源站描述指出,急性呼吸窘迫综合征(ARDS)/急性肺损伤(ALI)早在 30 年前就已被描述,但参与该综合征的特定基因集合之间如何相互作用,至今仍未得到完全理解。该数据集正是在这一背景下,通过微阵列分析对急性肺损伤进行表达层面的研究,试图为理解相关基因集合的相互作用提供数据基础。其主题标签中的“Expression profiling by array”也表明,该数据集的核心内容是基因表达谱的测定与分析。

【数据内容】

该数据集包含 1 个文件,样例文件为 GSE10474_series_matrix.txt.gz,格式为 GZIP 压缩包。从主题标签看,数据涉及 GPL571 平台与物种编号 9606,属于表达谱芯片数据。源站未提供矩阵文件内部的具体字段结构、样本数量、基因数量或分组信息,因此无法进一步说明其数据表的具体组成。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“Microarray Analysis of Acute Lung Injury”。作者为 Judie、Ann、Howrylak,源站首次发布时间为 Feb 12 200。本站分类为呼吸系统疾病 / 其他。除上述来源信息外,源站未提供样本采集地点、采集时间、伦理审批或实验设计等细节。

【适用场景】

根据侧写线索,该数据集可用于探索 ARDS/ALI 中特定基因集合之间的相互作用,支持呼吸系统疾病相关的表达谱分析。其表达谱芯片性质使其适合用于基因表达层面的比较与探索性研究。源站未提供更具体的适用分析类型或验证场景。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE10474_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因格式或编码问题导致分析偏差。源站未提供额外的预处理步骤、标准化方法或分析流程说明。

【质量与限制】

该数据集仅有 1 个文件,源站未提供样本量、数据完整性、缺失值情况或质量控制指标,因此无法对其数据质量作出具体评估。源站描述也仅说明相关基因集合的相互作用尚未被完全理解,未给出该数据集自身的验证结论或局限性说明。使用时应注意这些信息缺口。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE10474

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性呼吸窘迫综合征(ARDS)/急性肺损伤(ALI)在30年前就被描述,但参与该综合征的特定基因集之间的相互作用仍未被完全理解。关键词:疾病状态分析

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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