侵袭性肺曲霉病小鼠模型的转录响应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE104290

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

摘要 来自手稿：侵袭性肺曲霉病是一种主要由烟曲霉引起的感染，由于免疫功能低下个体数量的不断增加，其发病率呈上升趋势。尽管烟曲霉依赖宿主免疫缺陷来促成侵袭性疾病，但调控宿主-病原体相互作用的独特机制仍不明确，尤其是在不同免疫调节治疗的背景下。为深入探究这些机制，我们利用RNA-Seq技术对两种临床相关但免疫学特征不同的小鼠IPA模型在接种后第2天和第3天的肺组织来源RNA进行了测序，此时感染已建立且活动性疾病已存在。我们的研究结果揭示了化疗模型与类固醇模型在免疫与代谢交界处宿主基因表达方面的显著差异。RT-qPCR验证了23个免疫相关基因的模型特异性和非特异性表达。深度测序有助于鉴定高表达的曲霉基因。我们利用序列相似性和基因表达对烟曲霉推定的体内分泌组进行了分类。

RT-qPCR提示九种推定真菌分泌蛋白具有模型特异性基因表达。我们的分析发现，两种模型在第2天至第3天之间宿主和真菌的响应存在差异。这些差异可能有助于定制宿主和/或真菌靶向疗法的识别、开发和部署。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。