气道上皮单细胞图谱揭示富含CFTR的肺离子细胞

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE102580

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

上皮组织的功能取决于其所含分化细胞的类型、丰度和分布。要在损伤后恢复组织功能，需要了解生理任务如何在细胞类型之间分配，以及细胞状态在稳态、损伤/修复和疾病之间如何变化。在传导气道中，异质性基底细胞群体产生执行黏液纤毛清除功能的特化腔面细胞。我们对人支气管上皮细胞和小鼠气管上皮细胞进行了单细胞分析，以全面了解传导气道中的细胞类型及其在稳态和再生中的行为。我们的分析揭示了代表已知和新型细胞群体的细胞状态，描绘了其异质性，并识别了稳态和组织修复过程中不同的分化轨迹。最后，我们鉴定出一种新型稀有细胞类型，将其称为“肺离子细胞”，该细胞共表达FOXI1、V-ATPase的多个亚基以及CFTR——即囊性纤维化（CF）中发生突变的基因。

利用免疫荧光、信号通路调控和电生理技术，我们展示了Notch信号传导是必要的，而FOXI1表达足以驱动肺离子细胞的产生，并且肺离子细胞是传导气道上皮中CFTR活性的主要来源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。