原代人气管与支气管上皮细胞基因调控网络的分子特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE101993

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

衬覆气道表面的上皮层在维持肺部健康中发挥核心作用，尤其是作为屏障防止感染和有害颗粒的侵入，这些颗粒在由上皮驱动的黏液纤毛清除系统中被清除出肺。数十年前已开发出培养原代气道上皮细胞的稳健方法，这些细胞成为研究多种人类肺部疾病的首选模型。然而，迄今为止，来自气道上皮不同区域细胞的分子特征尚未得到充分表征。本研究检测了来源于人气管和支气管组织的原代细胞，并对其活跃调控元件和基因表达谱进行了全基因组分析。我们还比较了来自健康和患病（囊性纤维化）供体肺组织的细胞。我们的数据揭示了一种气道上皮细胞特征，该特征与其他上皮细胞类型以及永生化或转化气道上皮细胞系存在显著差异。气管与支气管细胞之间的差异清晰可见，而两种不同来源细胞类型之间也存在共同的调控特征。

健康或CF支气管细胞之间仅见微小差异。这些数据是人类健康与疾病中气道上皮组织功能基因组学分析的宝贵资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。