母猪胎儿界面及胎儿对猪繁殖与呼吸综合征病毒感染转录应答的全基因组分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-71205

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）感染妊娠晚期（第三个三月期）的母猪，可导致病毒传播给胎儿，并最终造成胎儿宫内死亡或出生后死亡。目前，对于母胎界面及胎儿本身的感染免疫应答，以及病毒传播和胎儿疾病进展背后的分子事件，人们知之甚少。为探究这些过程，在一项大型妊娠母猪PRRSV攻毒实验中，选取四组胎儿，于攻毒后21天，对脐带附着部位相邻的子宫内皮和胎儿胸腺这两种组织进行了RNA测序。RNA-seq实验比较了四组不同胎儿（每组n=12）之间的基因表达：对照组（CON——来自模拟接种母猪的未感染胎儿）、未感染组（UNINF——来自PRRSV接种母猪的未感染胎儿）、感染组（INF——来自PRRSV接种母猪的感染胎儿）以及胎粪染色组（MEC——来自PRRSV接种母猪的胎粪染色胎儿），并研究了两种组织：脐带附着部位的子宫内膜（含粘连的胎盘组织）和胎儿胸腺（共96个样本）。

差异表达（edgeR）和网络（WGCNA）分析进行了三组对比：UNINF对CON、INF对UNINF、MEC对INF。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。