慢性阻塞性肺疾病肺泡II型细胞基因表达谱病例对照研究

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Ac2fc2f1eedca45b437c1c5a8ad2afbb93b574b0fbee7be52c6bae09f1de64808

标准获取流程：

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   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：本研究旨在识别从慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者中分离的肺泡上皮II型细胞（ATII细胞）中特异性的基因表达模式。设计：病例对照研究。地点：日本两家医院。参与者：微阵列分析中包括3例无COPD患者和3例COPD患者。后续分析中包括5例无COPD吸烟者和9例COPD吸烟者。主要和次要结局指标：主要结局包括使用Affymetrix基因表达芯片，与无COPD患者相比，识别COPD患者ATII细胞中差异表达的基因以及激活或抑制的通路。次要结局包括通过定量逆转录聚合酶链反应验证微阵列分析的结果。结果：我们使用荧光激活细胞分选从COPD和非COPD肺中分离了ATII细胞。我们对两种类型的ATII细胞进行了Affymetrix基因表达芯片分析。

基因集富集分析显示，COPD肺组织的ATII细胞中富集了两个主要基因集：干扰素应答基因集和与细胞周期进程相关的基因集。基因本体术语富集分析表明，在干扰素刺激基因中，COPD患者的ATII细胞表达了与抗原加工和呈递通路相关的基因，如PSMB8、PSMB9、TAP1和TAP2。我们采用定量逆转录聚合酶链反应验证了微阵列分析的结果。此外，FACS分析表明，从COPD肺组织分离的CD45阴性肺细胞中，ATII细胞的百分比显著高于非COPD肺组织。结论：我们的研究表明，COPD患者ATII细胞中富集了参与抗原加工和呈递通路的干扰素刺激基因以及参与细胞周期进程的基因。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。