戒烟者AT2细胞WGBS测序样本数据集

资源简介

戒烟者AT2细胞WGBS测序样本数据集

该数据集收录于 omicsdi.org，英文名称为 f48cdcad-d842-4169-8266-e4416a0a558b - samples，在本站归入呼吸系统疾病 / 其他分类，主题标签为 Genomics。其核心内容是对戒烟者中患有慢性阻塞性肺疾病（COPD）与未患 COPD 个体、处于不同疾病阶段的 FACS 分选 AT2 细胞进行全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS），并提供相应的 Fastq 文件。样本构成方面，患 COPD 者为 6 例，未患 COPD 者为 3 例。整体来看，该数据集围绕戒烟人群的肺泡 II 型上皮细胞，以 DNA 甲基化层面的全基因组测序数据为切入点，为呼吸系统疾病尤其是 COPD 相关研究提供原始测序资源。

【数据集背景】

慢性阻塞性肺疾病是一种以持续气流受限为特征的呼吸系统疾病，其发生发展涉及遗传、表观遗传与环境因素的复杂交互。吸烟是 COPD 最重要的环境危险因素之一，而戒烟后疾病仍可能在不同阶段继续进展，提示既往暴露所留下的分子改变可能长期存在。肺泡 II 型（AT2）上皮细胞是肺泡结构维持与修复的关键细胞类型，在肺损伤与修复过程中发挥重要作用。对该细胞类型在戒烟人群中进行全基因组 DNA 甲基化分析，有助于从表观遗传角度理解 COPD 的疾病阶段差异。该数据集正是基于这一背景，对戒烟者中患与未患 COPD 个体的 FACS 分选 AT2 细胞开展 WGBS 测序。

【数据内容】

数据集包含对 FACS 分选获得的 AT2 细胞进行 WGBS 测序所产生的数据，样本来自戒烟者，分为患 COPD（n=6）与未患 COPD（n=3）两组，并覆盖不同疾病阶段。测序结果以 Fastq 文件形式提供。主题标签为 Genomics，表明其属于基因组学范畴。除上述样本分组、细胞类型、测序策略与文件类型外，源站未提供更多关于数据规模、测序深度、读长、甲基化位点数量或具体疾病分期定义的信息。

【采集与来源】

数据来源站为 omicsdi.org。样本采集对象为戒烟者，依据是否患有 COPD 进行分组，并涉及不同疾病阶段。目标细胞为经 FACS 分选的 AT2 细胞。关于样本采集的具体时间、地点、机构、伦理审批信息以及 FACS 分选的具体标记与流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于呼吸系统疾病特别是 COPD 相关的表观遗传学研究，例如比较戒烟者中患与未患 COPD 个体 AT2 细胞的 DNA 甲基化模式差异，探索不同疾病阶段之间可能存在的甲基化改变，或作为 WGBS 数据分析流程的输入资源。也可用于与其它肺组织或细胞类型甲基化数据的整合分析。由于样本量有限，其适用场景以探索性分析和方法学验证为主。关于该数据集是否已被用于特定研究或是否适合临床诊断用途，源站未提供。

【使用方法】

使用者可获取并以 Fastq 文件为起点开展后续分析，通常包括测序质量控制、比对至参考基因组、甲基化位点识别与定量、差异甲基化区域分析等步骤。分析时需注意按 COPD 状态与疾病阶段对样本进行分组比较。关于推荐的分析流程、参考基因组版本、软件参数及是否提供预处理数据，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集样本量较小，患 COPD 组为 6 例、未患 COPD 组为 3 例，统计效力有限，结果解释需谨慎。数据以原始 Fastq 文件形式提供，未说明是否附带质控报告或处理后数据。关于测序质量、覆盖度、批次效应、混杂因素控制以及疾病阶段划分标准等信息，源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、原始文献、作者信息、许可协议及使用限制，源站未提供。