抗生素外排泵进化性缺失增强铜绿假单胞菌群体感应介导的体内毒力
该数据集来自omicsdi.org，主题标签为Proteomics，分类归入呼吸系统疾病/其他。源站描述围绕铜绿假单胞菌（Pa）抗生素外排泵mexEFoprN的遗传失活展开：体外β-内酰胺抗生素与感染期营养应激可筛选出该泵失活突变，且突变意外增强感染中的毒力；研究通过对数百株Pa临床分离株进行基因组
基本信息
资源简介
抗生素外排泵进化性缺失增强铜绿假单胞菌群体感应介导的体内毒力
该数据集英文名为 Evolutionary loss of an antibiotic efflux pump increases Pseudomonas aeruginosa quorum sensing mediated virulence in vivo，来源于 omicsdi.org，主题标签为 Proteomics，在本站归入呼吸系统疾病 / 其他分类。其源站描述围绕铜绿假单胞菌（Pa）抗生素外排泵 mexEFoprN 的遗传失活展开：抗生素耐药是当前人类健康的重大威胁之一，而近期研究提示耐药性的丧失也可能驱动某些细菌的致病性。两项近期研究发现，体外 β-内酰胺抗生素压力以及感染期间面临的营养应激，会筛选出铜绿假单胞菌抗生素外排泵 mexEFoprN 的遗传失活突变；出人意料的是，外排泵突变反而增强了 Pa 在感染过程中的毒力。然而，真实人类感染中外排泵失活突变的流行情况，以及外排泵突变体毒力增强的机制，此前均不清楚。研究据此提出假设：人类感染会筛选出可增强 Pa 临床分离株毒力的外排泵突变，并通过对数百株 Pa 临床分离株进行基因组测序来检验这一假设。
【数据集背景】
抗生素耐药性对人类健康构成持续威胁，但耐药性丧失与病原体致病性之间的关系正受到关注。围绕铜绿假单胞菌（Pa）的研究发现，体外 β-内酰胺抗生素压力和感染期间面临的营养应激，会选择抗生素外排泵 mexEFoprN 的遗传失活。与直觉相反，外排泵突变在感染过程中增强了 Pa 的毒力。此前尚不清楚的问题包括：外排泵失活突变在真实人类感染中的流行程度，以及外排泵突变体毒力增强的驱动机制。该数据集所对应的研究即针对上述空白，提出人类感染会筛选出增强 Pa 临床分离株毒力的外排泵突变这一假设，并据此开展临床分离株的基因组测序分析。
【数据内容】
源站描述表明，该研究对数百株 Pa 临床分离株进行了基因组测序，并据此展示 mexEFoprN 外排泵失活突变的相关发现。数据集主题标签为 Proteomics，本站分类为呼吸系统疾病 / 其他。除上述基因组测序与突变分析外，源站未提供关于具体数据文件、样本数量明细、变量字段或数据表结构的进一步说明。
【采集与来源】
数据来源站为 omicsdi.org。研究材料为铜绿假单胞菌（Pa）临床分离株，采集背景为真实人类感染相关样本；研究手段为对数百株 Pa 临床分离株进行基因组测序。源站未提供采样地点、时间范围、纳入排除标准及样本处理流程等更详细的采集信息。
【适用场景】
基于源站描述，该数据集适用于与铜绿假单胞菌抗生素外排泵 mexEFoprN 遗传失活、β-内酰胺抗生素压力与营养应激选择作用、外排泵突变与感染中毒力增强关系，以及临床分离株基因组测序分析相关的研究场景；其主题标签 Proteomics 提示与蛋白质组学方向相关。源站未提供其他具体适用场景的说明。
【使用方法】
源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、质控指标或使用限制的说明。需注意，源站描述文本在末尾处中断，部分内容不完整。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000096391
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
抗生素耐药性是威胁人类健康的最紧迫问题之一，但近期研究突显了耐药性丧失也可能驱动某些细菌的致病性。在最近的两项研究中，我们发现，体外β-内酰胺类抗生素以及感染期间面临的营养应激，会选择铜绿假单胞菌（Pa）抗生素外排泵mexEFoprN的基因失活。出乎意料的是，外排泵突变增加了Pa在感染期间的毒力；然而，无论是外排泵失活突变在真实人类感染中的流行率，还是驱动外排泵突变体毒力增强的机制，均尚不清楚。我们假设人类感染会选择驱动Pa临床分离株毒力增强的外排泵突变。通过对数百株Pa临床分离株进行基因组测序，我们发现，相对于Pa重症监护病房临床分离株，mexEFoprN外排泵失活突变在Pa囊性纤维化分离株中富集。
结合RNA-seq、代谢组学、遗传学方法和感染模型，我们发现外排泵突变体增加了两种关键铜绿假单胞菌（Pa）毒力因子的表达，即弹性蛋白酶和鼠李糖脂，这增强了Pa在急性和慢性感染期间的毒力和肺损伤。我们表明，毒力因子产量增加是由假单胞菌喹诺酮信号水平升高所驱动，且这种毒力增强机制在一株具有代表性的ICU临床分离株和臭名昭著的CF Pa Liverpool流行株中均成立。总之，我们的发现提示，使抗生素耐药机制失活的突变可能增加患者死亡率和发病率。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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