曼氏血吸虫虫卵CRISPR/Cas9基因敲入样本数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001006573

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们在此报道，通过将CRISPR/Cas9与单链寡脱氧核苷酸（ssODNs）相结合，在曼氏血吸虫虫卵中成功实现了基因敲入（KI）。我们分别使用两种合成引导RNA（gRNA）X5和X7靶向曼氏血吸虫的乙酰胆碱酯酶（AChE）基因。通过电穿孔将曼氏血吸虫的肝虫卵暴露于含有X5或X7的CRISPR载体。同时，用编码全部六个阅读框终止密码子的ssODN供体转染虫卵。下一代测序分析显示，当提供模板DNA ssODN时，CRISPR/Cas9介导的曼氏血吸虫虫卵编辑导致了同源定向修复（HDR）。此外，与对照相比，AChE修饰虫卵的可溶性虫卵抗原（SEA）表现出显著降低的AChE活性，表明程序性Cas9切割突变了AChE基因。将修饰的血吸虫虫卵注射到小鼠尾静脉后，这些动物肺部的肉芽肿大小显著减小。值得注意的是，以不同方式注射X5-KI虫卵的小鼠中，虫卵在肺部以及脾细胞和小肠引流肠系膜淋巴结细胞中诱导了增强的Th2反应。

这些发现进一步证明了基于CRISPR/Cas9的基因组编辑技术在血吸虫功能基因组学研究中的强大功能和实用性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。