DHA抑制狼疮易感小鼠急性硅尘诱导肺部炎症与自身免疫的早期机制

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Ae156354f53011a59a882471830f87f7320e966ca86e88a7e64bae7499b219ed9

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

短期重复鼻内暴露于结晶二氧化硅（cSiO2）——一种已知的人类自身免疫触发因素——可在狼疮易感雌性NZBWF1小鼠中诱导失控性炎症、上调IFN刺激基因表达、产生多种自身抗体以及肾小球肾炎。膳食补充ω-3脂肪酸二十二碳六烯酸（DHA）可阻止亚慢性cSiO2对这些狼疮标志性特征的触发。为理解该干预如何影响cSiO2的急性效应，我们给NZBWF1小鼠喂食对照（CON）或含DHA的饲料，对其单次急性鼻内滴注2.5 mg cSiO2，然后比较在滴注后（PI）第7天和第28天终止的实验队列中的肺部炎症/自身免疫反应及自身免疫相关基因表达。CON喂养小鼠的急性cSiO2暴露在第7天PI引起巨噬细胞减少和中性粒细胞增多，而在第28天PI，接受颗粒处理的CON喂养小鼠显示总细胞、巨噬细胞、中性粒… NanoString自身免疫基因谱分析：使用Tri Reagent（Sigma Aldrich，圣路易斯，密苏里州）和TissueLyser II（Qiagen）从第7天和第28天肺组织（每组n=4个样本）中提取RNA。

提取的RNA使用Zymo RNA Clean and Concentrator Kit配合DNase按照制造商说明进行纯化（Zymo Research，Irvine，CA，货号R1017）。所得RNA溶于无核酸酶水中，并使用Qubit（Thermo Fisher Scientific）进行定量。RNA完整性在MSU Genomics Core使用Bioanalyzer（Agilent Technologies）进行评估。RNA完整性大于8的样本在MSU Genomics Core使用NanoString Autoimmune Gene Expression assay（货号XT-CSO-MAIPI1-12）进行分析。检测按照制造商说明在nCounter MAX系统、样本制备站和数字分析仪（NanoString Technologies）上进行并定量。数据使用nSolver 4.0高级分析按先前所述（6）使用N进行处理。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。