皮肌炎血浆来源细胞外囊泡中的失调通路与潜在生物标志物

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD060890

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞外囊泡（EVs）被认为与皮肌炎的发病机制有关，但其蛋白质含量尚未得到充分表征。我们从血浆中收集EVs，通过序贯超速离心和尺寸排阻色谱法进行分离，并用质谱法分析其内容物。使用随机森林算法评估了区分DM患者与对照组的蛋白质生物标志物。其中，部分蛋白质被鉴定为极具潜力的疾病生物标志物，并在一个独立队列中使用ELISA确认了其丰度。35种蛋白质差异表达，67种蛋白质在患者队列中被独特检测到。以下蛋白质表现出最显著的差异表达，并在一个独立的患者队列中得到了验证：抗氧化酶谷胱甘肽过氧化物酶3（GPX3）和两种补体蛋白Ficolin-2（FCN2）及SERPING1在患者EVs中丰度较低。表面活性蛋白B（SFTPB）几乎仅在肺病患者中表达，提示其可能为肺部受累的标志物。总之，我们确定GPX3、FCN2和SERPING1为DM的生物标志物。

我们的数据强调了糖尿病中氧化应激和补体调节的重要性。SFTPB是肺部受累的潜在生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。