MicroCOPD 真菌组描述性研究数据集 2020

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Abd5038d4ec2cc1c2a5417ca6683a6589aecfe4c2269d5dec920e166a7f626e8c

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：肺部微生物组中的真菌部分（真菌组）研究不足。我们报告了一项大规模单中心支气管镜检查研究（MicroCOPD）中，COPD参与者与对照组口腔和肺部真菌组的组成。方法：从93名COPD参与者和100名对照者中采集口腔漱液和支气管肺泡灌洗液（BAL）。在测序真菌核糖体RNA基因簇的内转录间隔区1（ITS1）之前提取真菌DNA。生成分类学条形图，并比较研究组之间以及按吸入类固醇使用情况分类的分类学组成、Shannon指数和β多样性。结果：对照组和COPD参与者的口腔和肺部真菌组以念珠菌属为主，且两个研究组中口腔样本的念珠菌属均多于BAL。马拉色菌属和Sarocladium属在肺部样本中也经常被发现。在研究组之间，就差异丰度/分布而言，未发现一致的差异。肺部样本中研究组之间的α多样性和β多样性无差异，但β多样性随样本类型而变化。

真菌组似乎未受到吸入性类固醇使用的影响。结论：口腔和肺部样本在分类组成和多样性上存在差异，可能表明存在肺部真菌组。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。